El origen del Instituto de Censores Jurados de Cuentas data del año 1942 cuando, por Decreto, se establece la facultad de su creación, la cual se hace efectiva en l943 bajo la tutela del Consejo Superior de Colegios Oficiales de Titulares Mercantiles.
Se integran en el mismo los miembros de los Colegios de Contadores Jurados, existentes en aquella fecha, uno de los cuales, el Colegio de Contadores Jurados de Bilbao constituido en el año l927, era el primer colegio profesional que puso en práctica, de manera organizada, una nueva profesión en nuestro país, cual era la auditoría, entonces denominada revisión, inspección y certificación de balances.
La Ley l9/88 de 12 de julio equipara al Censor Jurado de Cuentas con el Auditor de Cuentas.
En la actualidad, los Censores Jurados de Cuentas están adscritos a la Agrupación o Ente Territorial donde tienen su domicilio profesional, existiendo 12 Agrupaciones Territoriales y dos Colegios Autonómicos. En el País Vasco, los Censores Jurados de Cuentas de Bizkaia, de Alava y Gipuzkoa forman la Agrupación Territorial del País Vasco, constituída con fecha 27 de Marzo de 2001.